对宋明理学特别是心学作了原创性研究，这方面的成果体现于2003年新版的《王学通论》等。

从文化的核心－－价值观入手，对儒学作了深层面的探索，研究成果主要体现于2000年重印的专著《善的历程》，该书首次出版于1994年。

从思潮与人物的结合上，对中国近代哲学作了独特的阐释。

从人物与问题的结合中，对先秦哲学及古代哲学作了新的探索。

对道德哲学作了深层面研究。

在哲学基本理论问题的研究方面，着重对作为存在理论的本体论作了深入考察。

出版专著： 

《王学通论——从王阳明到熊十力》 上海三联书店 1990

《孟子新论》 知道出版公司（台北） 1993

《善的历程：儒家价值体系的历史衍化及现代转换》上海人民出版社1994

《从严复到金岳霖——实证论与中国哲学》 高等教育出版社 1996

《心学之思——王阳明哲学的阐释》 生活·读书·新知三联书店 1997

《理性与价值——智慧的历程》 上海三联书店 1998

《存在的澄明——历史中的哲学沉思》辽宁人民出版社1998

《科学的形上之维——中国近代科学主义的形成与衍化》上海人民出版社1999

《史与思》浙江大学出版社1999

《象山语录 阳阴传习录》上海古籍出版社2000

《伦理与存在——道德哲学研究》上海人民出版社 2002

《存在之维——后形而上学时代的形上学》 人民出版社 2005

《杨国荣讲王阳明》北京大学出版社2005

《思与所思：哲学的历史与历史中的哲学》北京师范大学出版社2006

《庄子的思想世界》北京大学出版社2006