以江苏省社会科学院的学术力量为基础，研究院现设有大运河历史研究、文化研究、区域研究等3个研究中心。同时，秉持“开门办院、开放办院”的方针，研究院统筹整合全省大运河文化研究资源和力量，在大运河江苏段沿线城市先后设立了徐州、苏州、淮安、扬州、常州、无锡、镇江等7家设区市分院，并与南京农业大学合作创办首家主题式分院——大运河农业文明分院。

研究院专家参与了国内首部关于大运河文化带建设的地方性法规《江苏省人民代表大会常务委员会关于促进大运河文化带建设的决定》的调研和起草，以及多项省级规划文件的编写，并面向社会大众，推出了《中国大运河遗产》《运河两岸有人家》等普及读物。

研究院编辑出版《大运河文化研究》专刊和《大运河智库》专报，并在多个期刊平台开设运河研究专栏。