近发表论文100余篇，出版著作有：《经济组织的制度逻辑》（2000年）、“中国农业可持续发展趋势、机理与对策》（2000年）、《走向生态化经营》（2001年）、《中国农业产业组织：演化、比较与创新》（2002年）、《产权制度与经济组织》（2003年）、《农村经济组织的创新与绩效一一新制度经济学的解析》（2003年）、《政府、市场及意识形态一一新制度经济学的解析》（2003年）、《新世纪的抉择》（2003年）、《技术创新、制度创新与农村发展》（2003年）。《新制度经济学》（2005年）。

（一）关于贫困问题。认为摆脱贫困不能仅仅是一种单纯的经济行为或政策行为，而应该是包括经济、生态、文化、社会等方面的综合性的总体变革，但根本在于制度的变革。

（二）关于乡镇企业宏观管理问题。他将乡镇企业的宏观调控分为三个层次，与之相对应设计了因素调控、结构调控、参量调控三类调控方式，并通过动态模式经济控制论模型建模，使调控政策定量化。

（三）关于资源与环境管理问题。①首次提出“技术生态学”，倡导对技术创新及其使用的生态学后果进行研究。②参与了国务院文件《中国21世纪议程》的起草编制工作。③基于经济学对资源与环境问题的忽视及中国生态经济学发展的不足，重构了生态经济学的理论体系，对完善资源环境管理具有基础理论支持作用。

（四）关于制度经济方面的研究，①提出“组织形式、交易技术结构、体制组织环境之间的相容性决定组织效率”的基本命题，并将其发展为“制度安排与环境的相容性定理”。②提炼出中国农村经济组织制度变迁的逻辑主线是：一是对产权明晰的需求——制度创新的生产性努力；二是对利益调整的需求——制度创新的分配性努力。制度绩效的高低在相当程度上取决于制度安排所导致的对生产性努力与分配性努力的行为预期。